Rozpoczyna się nowy rok szkolny. Nowy podział uczniów sprawia, że Odd ląduje w innej klasie niż Aelita, Ulrich i Jeremie. Chłopak decyduje się iść do dyrektora i przekonać go do zmiany decyzji. Okazuje się, że to na prośbę Jima Odd wylądował w innej klasie niż jego koledzy. Chłopak chce z nim porozmawiać, ale nie zastaje go w pokoju. Znajduje tam za to film z Jimem bawiącym się na dyskotece; spotyka się z nauczycielem i informuje go, że jeżeli nie przeniesie go do jednej klasy z Ulrichem i Jeremiem, udostępni wszystkim płytę z filmem. Yumi oznajmia Ulrichowi, że przez wakacje dużo myślała o związku ich łączącym: chce go zakończyć i być dla Ulricha tylko przyjaciółką. Jeremie wzywa całą grupę do fabryki, ponieważ Xana wysłał potwory do sektora piątego. Ulrich, Odd, Yumi i Aelita docierają do atakowanego przez potwory Xany miejsca, które Jeremie określa jako "serce Lyoko" - miejsce, od którego istnienia zależy istnienie całego wirtualnego świata. Pod koniec misji w Kartaginie okazuje się, że Aelita zyskała nowe zdolności- może wysyłać kule energii, niszczące wrogów w sposób podobny do laserowych strzał Odda; utrata wszystkich punktów życia nie oznacza także jej bezpowrotnego odejścia. Odd, przekonany przez przyjaciół, decyduje się oddać Jimowi płytę z filmem; mimo to nauczyciel przenosi Odda do jednej klasy z Jeremiem, Ulrichem i Aelitą.

54.Lyoko minus jeden

W szkole odbywają się wybory do samorządów klasowych: Odd, Jeremie i Herve na lekcji historii prezentują swoje programy. W tym czasie Yumi jedzie ze swoją klasą, Jimem i panią Hertz do parku, by tam badać wpływ zanieczyszczeń na środowisko naturalne. W pewnym momencie Xana przejmuje kontrolę nad wszystkimi osobami w autobusie, które usiłują schwytać Yumi. Dziewczyna dzwoni do Jeremiego, przerywając mu zarazem jego wystąpienie. Chłopak zbiera grupę na dziedzińcu szkolnym i odkrywa aktywowaną wieżę w sektorze leśnym; każe Ulrichowi udać się do lasu, by pomóc Yumi, a sam, wraz z Oddem i Aelitą, idzie do fabryki. Ich rozmowę podsłuchuje odbywający w jednej z klas szlaban William. Postanawia śledzić Ulricha i pomóc Yumi. Aelita zostaje zaatakowana przez scyfozoę, co pozwala Xanie przejąć kontrolę nad jej poczynaniami. Dziewczyna wchodzi do jednej z nieaktywnych wież i zamiast słów CODE:LYOKO wpisuje CODE:XANA. Powoduje to zniknięcie całego sektora leśnego - a więc i aktywowanej przez Xanę wieży, co ratuje życie Ulrichowi i Yumi. Jeremie w porę dematerializuje Aelitę i Odda. Ulrich przenosi nieprzytomnego Williama z powrotem do klasy, przez co chłopak sądzi, że wszystko, co przeżył, było tylko snem. Odd zostaje przewodniczącym samorządu swojej klasy.

55.Fala przypływu

Na wychowaniu fizycznego pielęgniarka tłumaczy klasie, jak powinni się odżywiać. Po lekcji Jeremie udaje się z Aelitą do fabryki, gdzie odkrywają aktywowaną wieżę w sektorze górskim. W tym czasie Odd, zdegustowany obiadowym menu, planuje wraz z Ulrichem włamać się do magazynu stołówki i najeść się porządnie. Na ich oczach Xana przejmuje kontrolę nad znajdującym się tam jedzeniem. Jeremie wzywa całą grupę do fabryki. Yumi dociera tam od razu, a Odd - po ucieczce przed opętanymi produktami żywnościowymi, które chciały obezwładnić jego, Jima i Ulricha. Ten ostatni zostaje na Ziemi, by nie pozwolić jedzeniu na dotarcie do Jeremiego. Wkrótce do chłopaka dołącza pokonana w Lyoko Yumi. Jeremie wysyła Odda i Aelitę do sektora piątego, by odparli kolejny atak potworów Xany na serce Lyoko. Po wykonaniu tej misji Aelita wraca do sektora górskiego, by tam dezaktywować wieżę. Jeremie decyduje się na aktywowanie powrotu do przeszłości.

56.Fałszywy trop

Odd jest rozzłoszczony, ponieważ ktoś ukradł Jean-Pierre'a - jego tamagotchi. W tym czasie dyrektora szkoły odwiedza dwoje tajnych agentów: informują go, że jeden z jego uczniów włamał się do komputera fabryki zbrojeniowej. Szybko ustalają, że chodzi o Jeremiego Belpois, i rozpoczynają śledzenie go, korzystając m.in. z pomocy Jima. Jeremie wykrywa aktywną wieżę i wraz z innymi członkami grupy udaje się do fabryki. Wysłana do Lyoko grupa odkrywa, że podejrzana wieża nie jest aktywna. W tym czasie agenci odkrywają obecność Jeremiego w fabryce i aresztują go. Chłopak zdaje sobie sprawę, że rzekome włamanie do komputera w fabryce to sprawa Xany. Zaniepokojony brakiem wiadomości od Jeremiego Ulrich prosi Odda, by zabił go, umożliwiając mu w ten sposób powrót na Ziemię. Xana przejmuje kontrolę nad agentami i nakazuje im zniszczenie superkomputera. Kiedy jeden z agentów zajęty jest niszczeniem skanerów, a drugi- atakowaniem Jeremiego, Ulrich informuje grupę, że Xana aktywował kolejną wieżę. Aelicie udaje się dezaktywować wieżę przed zniszczeniem przez agentów superkomputera i Jeremiego. Chłopak aktywuje powrót do przeszłości. Po podróży w czasie Yumi przyznaje się, że to ona namówiła Ulricha do kradzieży tamagochi.

57.Aelita

Odd cierpi z powodu okropnego zapachu swoich stóp. Ponieważ może to zagrozić jego reputacji (zwłaszcza kontaktom z dziewczynami), udaje się do pielęgniarki, by pomogła mu rozwiązać jego problem. Aelita coraz częściej popada w zamyślenie, przypominając sobie pierwsze dni swojego pobytu w Lyoko. Pyta Jeremiego, czy sądzi, że jej ojciec może wciąż być żywy. Chłopak nie jest co do tego przekonany i każe dziewczynie zapomnieć o przeszłości. Rozzłoszczona Aelita biegnie do Pustelni, by tam się wypłakać. Odd wybiera się na jej poszukiwania; dziewczyna namawia go na samodzielną wyprawę do Kartaginy, by poszukać tam informacji o Hopperze. Jeremie odkrywa aktywowaną wieżę; razem z Ulrichem i Yumi udaje się do fabryki i wysyła ich do Lyoko, licząc na późniejsze zjawienie się Aelity. Nieco później odkrywa obecność jej i Odda w Lyoko. Nakazuje im zająć się aktywną wieżę, ale chwilę potem odkrywa, że Xana znów atakuje serce Lyoko. Wobec tego przenosi Ulricha i Yumi do sektora piątego, by pomogli w odparciu ataku. Po ukończeniu misji Aelita zbiera dane o Franzu Hopperze. Jeremie odkrywa wśród nich fragment DNA, należący do Hoppera, wskazujący na to, że ojciec Aelity wciąż żyje gdzieś w Lyoko.

58.Zawody

W czasie porannej toalety do Ulricha podchodzi Johnny, rówieśnik Milly, i prosi go o chwilę rozmowy. Wynika z niej, że chłopak jest zainteresowany Yumi. Kierowany zazdrością Ulrich radzi Johnny'emu, by nie odstępował Yumi na krok w celu zwrócenia jej uwagi, doskonale wiedząc, że dziewczynie się to nie spodoba. Takie postępowanie nie budzi także akceptacji grupy. Xana opanowuje stado ptaków, które atakują poszczególnych członków grupy. Jeremie, Aelita, Odd i Ulrich (nie bez problemów) dostają się do fabryki i usiłują dezaktywować wieżę w rejonie pustynnym. Inaczej rzecz ma się z Yumi, która została zaatakowana na sali gimnastycznej i zdołała jedynie uciec do składziku z narzędziami. Johnny prowadzi tam dyrektora i Jima; mężczyźni znajdują dziewczynę w bardzo złym stanie i decydują się wysłać ją do szpitala. W tym czasie Jeremie zostaje zaatakowany przez ptaki i, pomimo że Aelita dezaktywowała wieżę, nie jest w stanie uruchomić programu materializującego ani powrotu do przeszłości. Na domiar złego Aelita została zaatakowana przez scyfozoę i opętana przez Xanę, a Ulrich- pozbawiony broni. Kontrolę nad superkomputerem przejmuje pokonany w Lyoko Odd. Yumi odzyskuje przytomność w karetce i dowiaduje się od towarzyszącego jej Johnny'ego, że to Ulrich kazał mu śledzić dziewczynę. Pozostająca pod kontrolą Xany Aelita wpisuje CODE:XANA, co powoduje zniszczenie sektora pustynnego. Jeremie aktywuje powrót do przeszłości.

59.Tajemnica

Późną nocą Yumi odbiera telefon od Jeremiego, który wzywa ją do fabryki. Wychodząc na zewnątrz, zderza się z jadącym na deskorolce Williamem. Udaje jej się go pozbyć, ale zanim pojawia się w fabryce, reszcie grupy udaje się dezaktywować wieżę. Następnego dnia Yumi, która wybiera się na basen ze swoją klasą, nie chce rozmawiać o wydarzeniach wczorajszego wieczoru; William przysięga, że odkryje tajemnicę dziewczyny. Jeremie odkrywa aktywną wieżę, ale on i Aelita nie mogą od razu iść do fabryki, ponieważ muszą przedstawić na lekcji historii prezentację o I wojnie światowej. Wobec tego tylko Ulrich i Odd udają się do fabryki; nie wiedzą, że śledzi ich William. Wkrótce potem Aelita i Jeremie także idą do fabryki, rozmawiając o Lyoko i Xanie. William wchodzi za nimi do windy i domaga się wyjaśnień na temat Xany. Kiedy dowiaduje się o celu ich poczynań, proponuje, że pójdzie po Yumi. Jeremie zgadza się, a następnie wysyła Ulricha, Odda i Aelitę do Lyoko. W tym czasie Xana przejmuje kontrolę nad pracownikiem budowlanym, który rozmieszcza bomby na terenie fabryki. William i Yumi (po poinformowaniu przez tego pierwszego o ataku Xany) walczą z mężczyzną aż do momentu, gdy Aelita dezaktywuje wieży. William odkrywa, że mężczyzna pracuje przy wyburzaniu budynków, co oznacza, że fabryka może w każdej chwili wylecieć w powietrze. Poinformowany o wszystkim Jeremie nie może aktywować powrotu do przeszłości, ponieważ Aelita (atakowana przez scyfozoę) ciągle jest w Lyoko. Yumi przenosi się do Lyoko, by pomóc dziewczynie, a William, współpracując z Oddem i Ulrichem, odnajduje główny zapalnik i w porę go rozbraja. Grupa przeprowadza głosowanie, które ma zdecydować o losach Williama - chłopak chce stać się częścią walczącej z Xaną grupy. Yumi głosuje na "nie", co wystarcza, by uniemożliwić przyjęcie Williama. Jeremie aktywuje powrót do przeszłości.

60.Chwilowe szaleństwo

Pod koniec kolejnego pobytu w Kartaginie Odd i Ulrich zostają trafieni przez świecące na czerwono manty nieznanym promieniem. Jeremie obiecuje zbadać ewentualne skutki trafienia. W szkole odbywa się przedstawienie (scena balkonowa z Romea i Julii), w której grają wszyscy członkowie grupy. W jego trakcie Ulrich i Odd zaczynają się zachowywać się tak, jakby byli w Lyoko - biorą uczniów, nauczycieli i dyrektora za potwory Xany. Zostają uznani za niepoczytalnych i przewiezieni do szpitala. Jeremie odkrywa, że za dziwne zachowywanie chłopców odpowiada Xana i aktywowana w Lyoko wieża. Aelita i Yumi udają się do szpitala, by uwolnić chłopców i wraz z nimi udać się do Kartaginy. W międzyczasie Jeremie odkrywa, że Xana przypuścił kolejny atak na serce Lyoko. Dziewczyny "wykradają" Odda i Ulricha ze szpitala i prowadzą ich do fabryki, gdzie Jeremie przenosi wszystkich do Lyoko. Tam okazuje się, że Ulrich i Odd uważają potwory Xany za postacie z Ziemi (np. Sissi, Herve'a i Nicolasa). Yumi zostaje przetransportowana do sektora piątego, by tam odpierać ataki na serce Lyoko. Kiedy Aelicie udaje się dezaktywować wieżę, rusza- wraz z Ulrichem i Oddem - na pomoc Yumi. Misja kończy się sukcesem - po powrocie na Ziemię Odd i Ulrich zachowują się normalnie. Jeremie aktywuje powrót do przeszłości.

61.Sabotaż

Pod koniec kolejnej misji w Lyoko uwagę grupy zwracają dziwne zdarzenia, utrudniające ich walkę z Xaną - "zawieszanie się" Odda, prześwitywanie postaci Yumi, rozmazywanie obrazu Ulricha i potworów Xany. Po powrocie na Ziemię Jeremie obiecuje zająć się tym problemem. Wieczorem odkrywa, że przyczyną dziwnych zdarzeń jest zły stan jednej z części superkomputera- popsuł ją człowiek opętany przez Xanę. Następnego dnia chłopak informuje grupę, że w ciągu trzech godzin może nastąpić całkowite zniszczenie superkomputera. Ponieważ Jim każe Jeremiemu posprzątać w pokoju, to Aelita musi dokonać niezbędnych napraw. W międzyczasie Xana aktywuje wieżę. Aelita odkrywa to i wzywa Ulricha i Odda do fabryki. Yumi, przebywająca na wycieczce w parku, także zostaje o wszystkim powiadomiona. Odd i Ulrich zostają zaatakowani przez żywe korzenie. Uwolniony od towarzystwa Jima Jeremie również idzie do fabryki; po drodze uwalnia Ulricha, ale zanim może pomóc Oddowi, sam zostaje oplątany. Również Yumi zostaje zaatakowana przez korzenie, wobec czego tylko Ulrich i Aelita przenoszą się do Lyoko, by tam dezaktywować wieżę. Jeremie i Odd wyplątują się z pułapki i ruszają na pomoc Aelicie i Ulrichowi. Odd przenosi się do Lyoko, a Jeremie usiłuje uratować superkomputer od zagłady, restartując go. Niestety, dezaktywowanie wieży nie pozwoli na uzyskanie wystarczającej ilości energii do restartu. Wobec tego Aelita decyduje się na celowe zniszczenie sektora polarnego. Umożliwia to Jeremiemu restart systemu i uratowanie pozostałej części Lyoko. Zniknięcie aktywowanej wieży uwalnia także Yumi od grożących jej korzeni.

62.Bezcielesność

Ulrich otrzymuje złą ocenę z testu z fizyki i grozi mu powtarzanie klasy. Jeremie oznajmia grupie, że udało mu się opracować program, pozwalający na bezpośrednie przenoszenie do Kartaginy. Ponieważ jeszcze go nie testował, potrzebuje ochotnika. Losowanie wskazuje na Ulricha, który, choć niechętnie, zgadza się na uczestniczenie w eksperymencie. Próba kończy się fiaskiem - Ulrich nie pojawia się ani w Kartaginie, ani w żadnej innej części Lyoko. Wczesnym rankiem Ulrich wychodzi ze skanera (zyskując zdolność przenikania przez ośrodki materialne) i udaje się do pokoju Jeremiego, ale chłopak nie widzi go i nie słyszy. Na jego widok i głos nie reaguje także Aelita i Odd- tylko Kiwi go zauważa. Ulrich wnika w ciało psa, dzięki czemu może poinformować grupę o tym, co się stało. Jeremie dochodzi do wniosku, że w czasie transferu do Lyoko ciało i umysł Ulricha zostały oddzielone. Jeremie i Aelita udają się do fabryki, by popracować na superkomputerze; w tym czasie Ulrich przejmuje kontrolę nad ciałem Jima: jako nauczyciel wychowania fizycznego odbiera telefon od pani Hertz, która prosi go o przyjście do sali gimnastycznej i... nauczenie kroków tanga. Jeremie powiadamia Yumi, że znalazł poruszające się ciało Ulricha w sektorze piątym. Ponieważ Ulrich (jako Jim) i Odd biorą udział w radzie pedagogicznej, tylko Yumi i Aelita mogą się przenieść do Kartaginy. Okazuje się, że to Xana przejął kontrolę nad ciałem Ulricha i używa go do ataku na serce Lyoko. Ulrich (jako Jim) przekonuje radę pedagogiczną, by dała Sternowi drugą szansę. Po uzyskaniu zgody wszystkich nauczycieli Ulrich i Odd udają się do Kartaginy, by pomóc w odpieraniu ataku Xany. Jeremiemu udaje się połączyć w jedno umysł i ciało Ulricha.

63.Potrójny kłopot

Odd jest rozgoryczony faktem, że nie posiada żadnych supermocy, które pozwalają mu na efektywną walkę z Xaną. Jeremie projektuje dla niego nową umiejętność- teleportację (w celu przeniesienia się w wybrane miejsce Odd musi mieć je w zasięgu wzroku i wypowiedzieć słowo "teleportacja"). Niestety okazuje się, że przenosiny z miejsca na miejsce powodują, że Odd w miejscu swojego ostatniego pobytu zostawia własną kopię. W ten sposób w Lyoko (oraz później na Ziemi) pojawia się troje Oddów. Jeremie obiecuje rozwiązać ów problem. Szybko dochodzi do konfliktów między klonami; ich zachowanie wywołuje także małe zamieszanie w szkole. Jeremie dzwoni do "oryginalnego" Odda, informując go, że znalazł sposób na unifikację chłopaka i jego kopii, wymagający wizyty wszystkich trojga w fabryce; informuje go jednocześnie, że ciała klonów są bardzo niestabilne i mogą w każdej chwili zniknąć. Wkrótce potem Jeremie odkrywa aktywną wieżę i wzywa resztę grupy do fabryki. W tym czasie Xana atakuje, przybierając postać mgły, obracającej ludzi w kamień. Ofiarą pada m.in. Jim i jedna z kopii Odda. Ulrich, Yumi i Aelita idą do Lyoko, a oryginalny Odd wyrusza na poszukiwanie ostatniego klona. Wyprawa kończy się sukcesem- wszyscy Oddowie trafiają do skanerów; w wyniku procesu wirtualizacji do Lyoko trafia tylko "oryginał". Aelita dezaktywuje wieżę, a Jeremie uruchamia powrót do przeszłości. Po podróży w czasie Jeremie proponuje, że naprawi program do teleportacji Odda, ale ten odmawia.

64.Podwójny kłopot

Dyrektor szkoły wzywa do siebie Yumi i informuje ją, że opuściła zbyt wiele godzin lekcyjnych. Jeszcze jedna nieobecność oznaczać będzie wydalenie ze szkoły. Grupa dochodzi do wniosku, że coraz cięższa walka z Xaną wymaga przyjęcia jeszcze jednej osoby do ich grona. Aelita proponuje Williama, ale Yumi stanowczo się temu sprzeciwia. Jeremie spędza noc w fabryce, usiłując skończyć prace nad programem, pozwalającym na bezpośrednie przechodzenie do sektora piątego. Rankiem wykrywa aktywną wieżę. Nieco później chłopak pojawia się w pokoju Aelity i informuje ją, że program jest gotowy; zbiera grupę i próbuje namówić jej członków do przetestowania programu, ale wszyscy są zajęci. W tym czasie prawdziwy Jeremie wychodzi z rzeki i powiadamia Odda, że Xana stworzył polimorficznego klona, który przebrał jego kształt. Kopia podsłuchuje rozmowę i ogłusza Odda. Wobec tej sytuacji Jeremie wzywa Yumi (dzięki Williamowi udaje jej się bezpiecznie uciec z lekcji) i każe jej zebrać resztę grupy w fabryce. Klon udaje się do fabryki i zrzuca Jeremiego z dużej wysokości. Ponieważ Ulrich pisze ważny test, tylko Yumi, Odd i Aelita zostają przeniesieni przez klona Jeremiego do Lyoko. Tam kopia ujawnia swoją prawdziwą naturę: osłabia członków grupy i wysyła na nich scyfozoę. Aelita po raz kolejny zostaje opanowana przez Xanę i ma zamiar zniszczyć kolejny sektor- tym razem górski. Ulrich przybywa w sam raz na czas, by pomóc prawdziwemu Jeremiemu w pokonaniu kopii i przejęciu kontoroli nad supekomputerem. Grupie nie udaje się powstrzymać Aelity- dziewczyna wpisuje w wieży CODE:XANA, niszcząc ostatni z czterech sektorów Lyoko. Jeremiemu udaje się przenieść wszystkich członków grupy na Ziemię. Zniknięcie wieży niszczy też klona. Jeremiemu udaje się ukończyć program, pozwalający na przenoszenie członków grupy bezpośrednio do Kartaginy. Yumi zgadza się, by William stał się częścią grupy.

65.Ostatnia runda

Ulrich, Yumi, Odd, Aelita i Jeremie ostatecznie decydują się przyjąć Williama jako czwartego wojownika Lyoko. Chłopak zostaje zeskanowany, co chroni jego pamięć przed skutkami powrotu do przeszłości. Następnego dnia na sali gimnastycznej odbywa się konkurs jazdy na desce, w którym bierze udział m.in. Odd i Samantha. Jeremie kończy program, pozwalający na odnalezienie ojca Aelity. Ponieważ chłopak zostaje zatrzymany przez Milly i Tamiyę, które chcą przeprowadzić z nim wywiad, Aelita sama idzie do fabryki wypróbować program. Tam odkrywa, że Xana przypuścił kolejny atak na serce Lyoko. Próbuje wezwać członków grupy do fabryki, ale Jeremie jest zajęty wywiadem, Odd bierze udział w konkursie, do Ulricha przyjechał jego ojciec, a Yumi musi się zająć młodszym bratem: tylko William ma czas, by pomóc Aelicie. Oboje przenoszą się bezpośrednio do Kartaginy. William znakomicie radzi sobie z zabijaniem potworów, ale nie chcąc słuchać rad Jeremiego (który w międzyczasie pojawił się w fabryce) zostaje pokonany przez scyfozoę; Xana przejmuje kontrolę nad chłopakiem i czyni go dowódcą armii potworów, atakujących serce Lyoko. Ulrich, Odd i Yumi uwalniają się od swoich obowiązków i próbują powstrzymać Williama, ale nie udaje im się to. Zabrakło także czasu na sprowadzenie Franza Hoppera na Ziemię. Sektor piąty zostaje zniszczony, a William staje się personifikacją Xany. Grupa zbiera się w Pustelni, by przedyskutować nową sytuację. Jeremie otrzymuje wiadomość, wysłaną przez internet, której nadawcą jest Franz Hopper.